国内の統計等では23の特別区(23区)が「東京」という1都市であるかのように扱われることが多く、一般にも東京都のうち23区を東京都内、その他の市町村を東京都下と区別することもあるが、これは23区が旧東京市に相当することに由来するもので、現在では23区を一体とし自治権を有する行政単位は存在しない。一方、自治体としての東京都が公式に用いている「東京都」の英語の名称は "Tokyo Metropolis"(metropolisは首都・首府・大都市、あるいは主要都市・中心市)で、都知事は "Governor"(知事)として国際会議に出席するなど、東京都という1つの自治体で都市の扱いになっており、対外的に23区と多摩地域や島嶼部を分離する意味はない。このように、国内的には中枢的な首都機能が集中する23区に限定して首都とすることもあるが、対外的には多摩地域や島嶼部を含めた東京都全域をもって首都とする例が多い。
古くは京都や奈良、及びその周辺に京(みやこ)が置かれていたことが多く、山城国、大和国、摂津国、河内国、和泉国(京都府の一部、奈良県、大阪府、兵庫県の一部)は併せて畿内(「畿」はかきね・門の内側。天子が直隸する帝都から五百里以内の土地)と呼ばれていた。現在でいう首都圏と同義である。
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しばしば都道府県の呼称として「都」をもちいるのが東京だけであるから、東京が「首都」であるとの論が巷間でみられるが、歴史的経緯として正しくない。東京は1868年(慶応4年、明治元年)から1943年(昭和18年)まで東京府であり、1943年(昭和18年)1月「東京都制案」が可決され同7月1日に東京都制により東京府・東京市が廃止されて「東京都」が設置され、戦後地方自治法第3条第1項の「地方公共団体の名称は、従来の名称による」という規定に基づき東京都と呼称しているものの、「都」という字句をもって首都を確定させるような要素はこれらの立法からは規定されていない。
日本では歴史上天皇による朝廷の他に、国際的には時に「日本国王」「日本国大君」とも称された征夷大将軍による幕府のような武家政権が存在したことや、東京と京都の両京制などの面から首都の議論があり、様々な首都論・首都認識がある。